杞菊地黄丸用于因肝肾不足，阴血亏虚所致的眩晕，症见头目眩晕，腰酸腰痛，口燥咽干，周身乏力原发性高血压见上述证候者；因肝肾不足所致的耳聋，症见耳鸣、耳聋，伴腰酸腰痛，口干咽燥，潮热，盗汗；因肝肾不足，阴血亏虚所致的圆翳内障，症见视力缓慢下降，视物昏花，晶珠轻度浑浊，老年性白内障初期见上述证候者；因肝肾不足，阴虚所致的目涩症，症见双目干涩，羞明畏光，干眼症见上述证候者；因肝肾不足，阴血亏虚所致的青盲。症见视物不清，不能久视，视神经萎缩见上述证候者。
现代药理学研究证实，杞菊地黄丸具有降血脂、抗动脉粥样硬化的作用，能降低血清三酰甘油、总胆固醇、低密度脂蛋白、极低密度脂蛋白的含量，提高血清高密度脂蛋白的含量，降低劲脉粥样硬化斑块的厚度和面积，抑制主动脉内膜脂斑的形成；具有抑制血小板聚集的作用，对二磷酸腺苷（ADP）诱导的血小板聚集有抑制作用；具有抗氧化作用，可降低血中过氧化脂质(LPO）含量，提高血中超氧化物歧化酶(SOD)活性，增高晶体内谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px）活性；提高眼组织中过氧化氢酶活力，降低丙二醛(MDA)含量；具有肾保护的作用，可减少糖尿病24小时尿蛋白量、血肌酐和尿素氮水平，降低肾组织中丙二醛（MDA） 含量，升高超氧化物歧化酶(SOD)活性；尚具有改善学习记忆能力的作用。
在安全性方面，有报道服杞菊地黄丸可引起眩晕、耳鸣，过量服用可致副乳增生 、过敏反应。
在常规治疗的基础上，加用杞菊地黄丸，可用于原发性高血压、初期老年性白内障、视神经萎缩、干眼症、耳聋、2型糖尿病、2型糖尿病合并高血压患者胰岛素抵抗、2型糖尿病背景型视网膜病变、注意缺陷多动障碍、慢性肾盂肾炎、预防先兆子痫、老年早期黄斑变性、短暂性脑缺血的长期辅助治疗，一般4周为一疗程，根据病情可延长服药时间。